Здравствуйте. Давайте попробуем по порядку разобраться.
1) Вы в администрировании создали необходимое подразделение? Т.е. необходимые ИНН, КПП и УТМ ключ записаны в одной строчке созданного пользователя.
2) Вы входите в журнал накладных этого подразделения. Всплывают ли какие-либо сообщения? В журнале отображаются какие-нибудь накладные? Попробуйте поменять фильтр (слева вверху) с "активные" на "все".
3) Зайдите в раздел "Запросы" видите ли в таблице входящих запросов (папка OUT) запросы с пометкой "вх. накладная" у которой путь выглядит примерно так http://localhost:8080/opt/out/Waybills/12 . Если такие записи есть, то перейдите по этой ссылке. В новом окне откроется накладная в виде XML. Сохраните его к себе на компьютер, нажав правой кнопкой мыши->сохранить ссылку как... Далее пришлите эти накладные нам на электронную почту по адресу support@егаисик.рф с ссылкой на эту тему в форуме.