ТЕМА: Перемещение между обособленными подразделениями

1С:Предприятие 8.3 (8.3.10.2168)
"Управление торговлей", редакция 10.3 (10.3.41.1)
Исходя из того, что скоро ЕГАИС обновиться, то и 1с нужно будет подтягивать, а учитывая надстройки в ней это не возможно. Соответственно 1с старой версии не будет знать обмен версии 3.

У вас старая версия конфигурации (не исключаю что с этим и связаны ваши проблемы с настройкой)... в свежих релизах УТ уже даже реализован мех. приемки в версии УТМ v3, и по марочная продажа...маркированной продукции
Вы говорите про "надстройки", т.е. подразумеваете, что в исходную конфигурацию вносили изм., "допиливали" программисты...?
Я думаю все зависит от объема вносимых изм., перенос, и накатывание обновлений...на правленые конфиги, дело конечно трудоемкое, но вполне подъемное ...
Мне кажется работать в двух учетных системах...- моветон, Вам надо определится или в ЕГАИСИКЕ или до ума 1с-ку довести...
ps/УТМ у всех обновился в принудительном порядке для работы в новом формате, отправка и приемка ТТН только в V3.