Добрый день!
Поштучно (помарочно) должна учитываться продукция только с новыми акцизными марками, которых еще нет в обороте. К этому решению пришел ФС РАР, в том числе, из-за неоднозначного поведения ЕГАИС в процессе перевода продукции в поштучную и наоборот на разных этапах документооборота. Поэтому учитывать марки текущего формата помарочно - не рекомендуется. Если к вам пришла помарочная продукция, вы все равно можете продолжать работать с ней как с партионной (т.е. точно так же как и раньше). Остатки на 3-м регистре будут обнуляться автоматически когда по этой справке 2 на остатках регистра 1 не останется продукции.
Выдача новых марок организациям ожидается не раньше ноября. У производителей есть запас старых марок по крайней мере до нового года...